Inhalt

• Vorwort
• Inhalt
• Tabellenverzeichnis
• Abbildungsverzeichnis
• Einleitung und Motivation
• Einführung in die Proteinchemie
  • Atome
  • Chemische Bindungen
  • Proteine (Eiweiße)
  • Proteinmolekülstrukturen
    • Strukturklassen
    • Strukturbestimmung
• Genetische Algorithmen
  • Geschichte der Genetischen Algorithmen
  • Funktionsweise der Genetischen Algorithmen
  • Die Natur als Vorbild
  • Genetische Algorithmen in der Computersimulation
    • Einfacher Pseudoalgorithmus für Genetische Algorithmen
    • Genom
    • Individuum und Objective Score
    • Population
    • Skalierung
    • Generation und Generationsformen
    • Kreuzungsoperator
    • Mutation
    • Selektionsschemata
    • Suchraum: Exploration und Exploitation
    • Konvergenz
  • Evolutionsstrategien vs. Genetische Algorithmen
  • Das Schema-Theorem
  • Die Building-Block-Hypothese
  • Kritik an dem Schema-Theorem und der Building-Block-Hypothese
  • Genetische Algorithmen im Vergleich mit anderen Suchverfahren
    • Vollständige Enumeration
    • Zufallssuche
    • Gradientensuche
    • Simulated Annealing
• Rahmen und Umfeld der Untersuchungen
  • Probleme von Genetischen Algorithmen
    • Problemverursacher
    • Richtige Parameterwahl
  • NP-Vollständigkeit
  • Untersuchte Moleküle
    • Peptide
    • Energiefunktion
  • Kodierung der Moleküle
    • Kodierung durch absolute Koordinaten
    • Relative Kodierung
  • Programme für Genetische Algorithmen
    • Öffentliche Pakete
    • DiplGA Bibliothek
  • Benutzte Plattformen
  • Vorgehensweise
    • Untersuchte Parameter
    • Basisuntersuchung 1
    • Basisuntersuchung 2
    • Ergänzende Untersuchungen
  • Methoden zur Darstellung der Ergebnisse
    • Diagramme
    • Tabellen
• Konfiguration Genetischer Algorithmen
  • Generationsformen
    • Simple GA
    • Steady State GA
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Ersetzungsgröße
  • Populationsgrößen
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Abbruchkriterien
    • Bitkonvergenz
    • Schwellenwerte
    • Haltefenster
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Anzahl der Eltern
    • Motivation
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Mutation
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Crossover
    • N-Point
    • Randomwalk
    • Uniform
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Selektionsschemata
    • Roulette Multi-Spin
    • Roulette Single-Spin
    • Tournament
    • Uniform
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Skalierungsschemata
    • None
    • Ranking
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Die Minimierungsfensterfunktion
    • Dynamic Reversed Fitness
  • Selektionsschemata
    • Roulette Multi-Spin
    • Roulette Single-Spin
    • Tournament
    • Uniform
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Skalierungsschemata
    • None
    • Ranking
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Die Minimierungsfensterfunktion
    • Dynamic Reversed Fitness
    • Positive Scores 1 Div
  • Selektionsschemata
    • Roulette Multi-Spin
    • Roulette Single-Spin
    • Tournament
    • Uniform
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Skalierungsschemata
    • None
    • Ranking
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Die Minimierungsfensterfunktion
    • Dynamic Reversed Fitness
    • Positive Scores 1 Div
    • Ceil Sub Score
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Erweiterung des Suchfokus
    • Adaptive Mutation
    • Double prevention
    • Diskussion der Ergebnisse
• Erweiterungen zu Genetischen Algorithmen
  • Selektionsschemata
    • Roulette Multi-Spin
    • Roulette Single-Spin
    • Tournament
    • Uniform
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Skalierungsschemata
    • None
    • Ranking
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Die Minimierungsfensterfunktion
    • Dynamic Reversed Fitness
    • Positive Scores 1 Div
    • Ceil Sub Score
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Erweiterung des Suchfokus
    • Adaptive Mutation
    • Double prevention
    • Diskussion der Ergebnisse
• Erweiterungen zu Genetischen Algorithmen
  • Einfache Multipopulationsansätze
    • Multiple parallele Läufe
    • Multiple sequentielle Läufe
  • Pyramidale Kulturen
    • Vorbilder
    • Funktioneller Ablauf
    • Theoretische Überlegungen zur Funktionsweise
    • Kombination mit lokalem Hillclimbing
    • Getestete Konfigurationen
    • Ergebnisse
• Fazit
  • Selektionsschemata
    • Roulette Multi-Spin
    • Roulette Single-Spin
    • Tournament
    • Uniform
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Skalierungsschemata
    • None
    • Ranking
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Die Minimierungsfensterfunktion
    • Dynamic Reversed Fitness
    • Positive Scores 1 Div
    • Ceil Sub Score
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Erweiterung des Suchfokus
    • Adaptive Mutation
    • Double prevention
    • Diskussion der Ergebnisse
• Erweiterungen zu Genetischen Algorithmen
  • Einfache Multipopulationsansätze
    • Multiple parallele Läufe
    • Multiple sequentielle Läufe
  • Pyramidale Kulturen
    • Vorbilder
    • Funktioneller Ablauf
    • Theoretische Überlegungen zur Funktionsweise
    • Kombination mit lokalem Hillclimbing
    • Getestete Konfigurationen
    • Ergebnisse
• Fazit
  • Selektionsschemata
    • Roulette Multi-Spin
    • Roulette Single-Spin
    • Tournament
    • Uniform
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Skalierungsschemata
    • None
    • Ranking
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Die Minimierungsfensterfunktion
    • Dynamic Reversed Fitness
    • Positive Scores 1 Div
    • Ceil Sub Score
    • Diskussion der Ergebnisse
  • Erweiterung des Suchfokus
    • Adaptive Mutation
    • Double prevention
    • Diskussion der Ergebnisse
• Erweiterungen zu Genetischen Algorithmen
  • Einfache Multipopulationsansätze
    • Multiple parallele Läufe
    • Multiple sequentielle Läufe
  • Pyramidale Kulturen
    • Vorbilder
    • Funktioneller Ablauf
    • Theoretische Überlegungen zur Funktionsweise
    • Kombination mit lokalem Hillclimbing
    • Getestete Konfigurationen
    • Ergebnisse
• Fazit
• Literatur
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