Relative Kodierung

Bei der relativen Kodierung werden für jedes Atom die Winkel seiner Bindungen, die Bindungslängen und der Drehwinkel der Bindungen kodiert. Unter der Annahme, dass sowohl die Bindungswinkel als auch die Bindungslängen fest sind, werden als Vereinfachung zu jeder Bindung eines Atoms nur die Drehwinkel kodiert. So entstehen nur in sehr wenigen Fällen illegale Konfirmationen durch zu nah positionierte Atome (clashing), welche jedoch in den Energiefunktionen durch sehr hohe Energien direkt aussortiert werden können. Die Äquivalenz zweier Moleküle kann in dieser Darstellung durch einfache standardisierte Rücktransformation in ein kartesisches Koordinatensystem und anschließender Root-Mean-Square-Vergleichsberechnung (RMS) von Atomkoordinaten zweier Moleküle bewerkstelligt werden.

Ein weiteres Problem besteht in der benötigten Genauigkeit der Drehwinkel. Untersuchungen von F. Herrmann [29] ergaben, dass eine Auflösung von 10 Bit pro $360^\circ$-Drehwinkel als unterste Grenze anzusehen ist. Bei 24 Drehwinkeln für Metenkephalin ergibt dies eine in dieser Arbeit benutzten Genomlänge von 240 Bit, was weit über der typischen Bitanzahl von 50 bis 100 Bit in theoretischen und praktischen Untersuchungen von Testfunktionen bei GAen liegt.