Peptide

Für diese Arbeit wurden zwei kleine Peptide ausgesucht, Tetraalanin und Metenkephalin. Tetraalanin ist ein kleines Tripeptid (drei Alanine mit den ``blocking groups'' Acethyl und Methylamid - 42 Atome und 15 drehbare Bindungen) ohne Seitenketten und wurde sowohl von F. Herrmann [28] als auch während der Entwicklung der für dieser Arbeit benutzten GA-Bibliothek eingehend untersucht. In diesen Untersuchungen wurden keine besseren Energiestrukturen gefunden als das bisher bekannte Minimum, doch konnte dieses sehr oft reproduziert werden. Die sehr kleine Struktur und das Fehlen von Seitenketten machen Tetraalanin zu einem relativ einfach zu minimierenden Molekül.

Aus diesem Grund konzentriert sich diese Arbeit auf Metenkephalin, was von seiner Komplexität her - zum einen wegen seiner größeren Struktur, als auch wegen seiner Seitenketten - schwieriger zu lösen ist. Metenkephalin ist ein Pentapeptid (Tyrosin, Glycin, Glycin, Phenylalanin, Methionin - 77 Atome und 24 drehbare Bindungen) mit Seitenketten bei Tyrosin, Phenylalanin und Methionin. Im Zuge der noch andauernden Untersuchung von F. Herrmann konnte die minimale gefundene Struktur von einem Energieniveau von bisher bekannten 4,277345 $\frac{kcal}{mol}$ auf 1,752383 $\frac{kcal}{mol}$ gesenkt werden.